A medicina homeopática aportou em nosso país no ano de 1840, trazida pelo médico da França Dr. Benoit Jules Mure (Bento Mure), que foi o fundador do Instituto Homeopático Brasileiro, no Rio de Janeiro. Na época, o muitos insumos usados eram trazidos do continente europeu e os doutores Mure e o brasileiro Dr. João Vicente Martins eram os responsáveis por ministrar os cursos, perante o interesse de farmacêuticos, que aumentava gradativamente.
A separação entre a homeopatia e a prática da medicina aconteceu em torno de 1851, quando foi estabelecida sua instituição acadêmica. Por meio do Decreto nº 9554 de 1886, farmacêuticos manipulariam os medicamentos a partir de então.
A legislação a respeito da homeopatia foi surgindo à medida que os anos se passaram e o Decreto nº 78841, que traria a aprovação da 1ª edição da Farmacopéia Homeopática Brasileira, teve sua elaboração, conseguida com muito esforço da classe médica e farmacêutica. Mesmo assim, foi apenas em 1980 que a homeopatia obteve o reconhecimento como especialidade médica por parte do Conselho Federal de Medicina, mesmo que profissionais como veterinários, odontólogos, psicólogos e enfermeiros pudessem exercê-la legalmente.
Na Inglaterra foi sugerido pelo comitê da ciência e tecnologia da Casa dos Comuns que o serviço nacional de saúde não apoiasse mais os tratamentos homeopáticos, devido ao fato de não poderem ser cientificamente comprovados. Sua declaração dizia que as "políticas governamentais de homeopatia não eram baseadas em provas fiáveis".
Mas, em estudos promovidos pela Prefeitura Municipal de Belo Horizonte, no Estado brasileiro de Minas Gerais, os resultados obtidos foram favoráveis à homeopatia, em comparação com a alopatia na Atenção Primária de Saúde. Os números apresentados apontavam melhores resultados da homeopatia, por meio de índices de encaminhamentos e exames para complementar os tratamentos reduzidos. E ainda foi levada em consideração uma sensível redução nos custos dos tratamentos para o SUS (Sistema Único de Saúde). Estes resultados fizeram com que a prefeitura da cidade decidisse pela ampliação do acesso de sua população à homeopatia gratuitamente, com a criação de um programa chamado PROHAMA e a inserção de profissionais de saúde homeopatas em suas Unidades de Saúde municipais.
Em pesquisa realizada como parte de uma tese de mestrado na Universidade Federal de Minas Gerais, foi constatado que, em uma comparação entre a homeopatia e a alopatia, a primeira apresentava uma percepção por parte dos usuários muito mais positiva, o que serviria de explicação para o aumento na demanda por profissionais da homeopatia no SUS brasileiro, além da espera prolongada para a realização de consultas.
Já em São Paulo, Moreira Neto (2001) realizou uma pesquisa feita nas Unidades Básicas de Saúde e depois publicada em revista, com aceitação oficial da CAPES, que corroborava os dados obtidos em Belo Horizonte. Os números de encaminhamentos e exames complementares foram, respectivamente, de 1 para 41 e 1 para 31,3 nas consultas, o que e traduziu em R$0,50 de custo médio para cada exame, de acordo com a tabela do SUS para 1995.